آزمایشگاه میکروبیولوژیِ آب و فاضلاب باهدف آموزش دروس عملی میکروبیولوژی آب و فاضلاب و انجام تحقیقات در جهت ارتقای دانش در این عرصه،با همکاری اعضای هیئت‌علمی و کارشناسان گروه مهندسی بهداشت محیط در سال 1376راه‌اندازی شد. به پشتوانة امکانات موجود در این آزمایشگاه،علاوه بر اجرای بیش از 30 دوره کلاس‌های عملی، بخش مهمی از انتشارات علمی اساتید و همکاران گروه، نتیجة پروژه‌های تحقیقاتی انجام‌شده در این آزمایشگاه می‌باشد. آزمایش‌های باکتریولوژیک آب برای تعیین MPNکلیفرم‌ها، آزمایش‌های تشخیص افتراقی کلیفرمها، تشخیص استرپتوکوکوس فیکالیس و کلستریدیوم پرفرنژنس، شناسایی جلبک‌ها، تعیین اکسیژن موردنیاز بیولوژیکی، اندازه‌گیری MLVSSو تعیین ضرایب بیوسینتیکیِ راکتورهای بیولوژیکی از مهم‌ترین پارامترهای قابل‌سنجش در این آزمایشگاه می‌باشند. علاوه بر اینها، با راه‌اندازی آزمایشگاه تشخیص مولکولی در آینده نزدیک، امکان استفاده از  PCRدر تشخیص اختصاصی گونه‌های مختلف میکربی فراهم خواهد شد.